Znečistenie živinami. Zaoberáme sa posudzovaním antropogénnych vplyvov na stav a kvalitu vôd z pohľadu prísunu nutrientov do povrchových vôd. Riešime výskumné úlohy a projekty, ktoré sa zaoberajú analýzami a hodnotením bodových a difúznych zdrojov znečistenia a ich vplyvom na kvalitu povrchových vôd. Zaoberáme sa revíziou zraniteľných oblastí pre povrchové vody, modelovaním koncentrácií živín v tokoch, pochádzajúcich z bodových a plošných zdrojov znečistenia. Posudzujeme dlhodobé zmeny vodného prostredia a trendy vývoja znečistenia nutrientov.
Organické znečistenie. Posudzujeme významné vplyvy znečistenia na stav a kvalitu vôd s cieľom navrhnúť efektívne opatrenia na dosiahnutie ich dobrého ekologického a chemického stavu. Zaoberáme sa vypracovaním súpisu emisií, vypúšťaní a únikov a hodnotením vplyvov zdrojov znečisťovania na chemický stav útvarov povrchových vôd. Naše činnosti sú zamerané taktiež na modelovanie koncentrácií rozpustených organických látok v povrchových vodách. Vykonávame trendovú analýzu organického znečistenia v uzáverových profiloch čiastkových povodí správneho územia povodia Dunaja.
Nebezpečné látky v povrchových vodách. Skúmame znečistenie vôd prioritnými a ďalšími znečisťujúcimi látkami a špecifickými syntetickými a nesyntetickými látkami relevantnými pre Slovensko s cieľom čo najefektívnejšie a najúčinnejšie chrániť ekosystémy a ľudské zdravie pred ich nepriaznivými účinkami. Zaoberáme sa toxicitou a degradáciou látok, ktoré majú schopnosť akumulácie vo vodných organizmoch a/alebo sedimente a možnosťami ich eliminácie alebo redukcie. Rôzne problémy, týkajúce sa takéhoto znečistenia sú aj predmetom posudzovania environmentálnych škôd v povrchových vodách.