VÚVH zabezpečuje plnenie požiadaviek EÚ v oblasti odvádzania a čistenia odpadových vôd v súlade so smernicou v stanovených časových horizontoch podľa veľkosti aglomerácií a charakteru recipientu. Táto požiadavka sa vzťahuje na aglomerácie produkujúce znečistenie nad 2 000 a viac ekvivalentným obyvateľom (EO) aj pre aglomerácie pod 2 000 EO v prípade, ak majú vybudovanú stokovú sieť, je potrebné zabezpečiť čistenie odpadových vôd. Vyčistené odpadové vody musia spĺňať požiadavky právnej úpravy platnej v SR a nemali by mať negatívny dopad na vodný ekosystém.
VÚVH zabezpečuje zber, verifikáciu a spracovanie údajov o verejných kanalizáciách a následné reportovanie údajov v zmysle čl. 15, 16 a 17 smernice v požadovanom rozsahu. Zber je realizovaný prostredníctvom ZberVaK. Výsledkom sú hodnotiace správy pre oblasť zberu, odvádzania a čistenia komunálnych odpadových vôd.
Databáza ZberVaK je podkladom pre následné hodnotenie obsiahnutých údajov a informácií a je súčasťou Vodného plánu Slovenska. Výsledky hodnotenia sú základom pre vodné plánovanie a program opatrení.